Την ίδια μέρα το 1994, η βία οδηγεί στην εκτόξευση ό, τι θα γίνει το χειρότερο επεισόδιο γενοκτονίας από τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο: η σφαγή περίπου 500.000 έως 1 εκατομμυρίου αθώων πολιτών Tutsis και μέτριου Hutus. Μετά το πρώτο κύμα σφαγών, οι δυνάμεις της Ρουάντα καταφέρνουν να αποθαρρύνουν τη διεθνή παρέμβαση με τη δολοφονία δέκα βελγικών αξιωματικών διατήρησης της ειρήνης. Η Tutsis, μια μειονοτική ομάδα που αποτελεί περίπου το 10% του πληθυσμού της Ρουάντα, δεν έλαβε καμία βοήθεια από τη διεθνή κοινότητα, αν και τα Ηνωμένα Έθνη παραδέχθηκαν αργότερα ότι μόλις 5.000 στρατιώτες που είχαν εγκατασταθεί εξαρχής θα είχαν σταματήσει τη χονδρική σφαγή.
Οι άμεσες ρίζες της γενοκτονίας του 1994 χρονολογούνται από τις αρχές της δεκαετίας του 1990, όταν ο Πρόεδρος Juvenal Habyarimana, ένας Χούτου, άρχισε να χρησιμοποιεί αντι-Τούτσι ρητορική για να εδραιώσει τη δύναμή του ανάμεσα στους Χούτους. Αρχίζοντας τον Οκτώβριο του 1990, σημειώθηκαν πολλές σφαγές εκατοντάδων Tutsis. Αν και οι δύο εθνοτικές ομάδες ήταν πολύ παρόμοιες, μοιράζοντάς τους την ίδια γλώσσα και τον πολιτισμό εδώ και αιώνες, ο νόμος απαιτούσε την εγγραφή με βάση την εθνικότητα. Η κυβέρνηση και ο στρατός άρχισαν να συγκεντρώνουν το Interahamwe (που σημαίνει "αυτοί που επιτίθενται μαζί") και προετοιμασμένοι για την εξάλειψη του Tutsis οπλίζοντας τον Hutus με όπλα και μαχαίρια. Τον Ιανουάριο του 1994, οι δυνάμεις των Ηνωμένων Εθνών στη Ρουάντα προειδοποίησαν ότι επικρατούν μεγαλύτερες σφαγές.
Στις 6 Απριλίου 1994, ο Πρόεδρος Habyarimana σκοτώθηκε όταν καταρρίφθηκε το αεροπλάνο του. Δεν είναι γνωστό αν η επίθεση διεξήχθη από το Πατριωτικό Μέτωπο της Ρουάντα (RPF), μια στρατιωτική οργάνωση Tutsi που σταθμεύει εκτός της χώρας τότε, ή από εξτρεμιστές του Hutu που προσπαθούν να προκαλέσουν μαζική δολοφονία. Εν πάση περιπτώσει, οι εξτρεμιστές του Χούτου στο στρατό, με επικεφαλής τον συνταγματάρχη Theoneste Bagosora, αμέσως έκαναν δράση, δολοφονώντας τον Tutsis και τον μετριοπαθή Hutus μέσα σε λίγες ώρες από τη συντριβή.
Οι βελγικές ειρηνευτικές δυνάμεις σκοτώθηκαν την επόμενη ημέρα, ένας βασικός παράγοντας στην απόσυρση των δυνάμεων του ΝΑ από τη Ρουάντα. Λίγο αργότερα, οι ραδιοφωνικοί σταθμοί στη Ρουάντα μεταδίδουν εκκλήσεις προς την πλειοψηφία του Χούτου για να σκοτώσουν όλους τους Τούτσι στη χώρα. Ο στρατός και η εθνική αστυνομία στρέφουν τη σφαγή, μερικές φορές απειλούν τους αμάχους του Χούτου όταν η πειθώ δεν λειτουργούσε. Χιλιάδες αθώοι άνθρωποι χτυπήθηκαν μέχρι θανάτου με μαχαίρια από τους γείτονές τους. Παρά τα φρικιαστικά εγκλήματα, η διεθνής κοινότητα, συμπεριλαμβανομένων των Ηνωμένων Πολιτειών, δίστασε να αναλάβει δράση. Κακώς αποδίδουν τη γενοκτονία στο χάος εν μέσω φυλετικού πολέμου. Ο Πρόεδρος Μπιλ Κλίντον κάλεσε αργότερα την αποτυχία της Αμερικής να κάνει τίποτα για να σταματήσει τη γενοκτονία «τη μεγαλύτερη λύπη» της διοίκησής του.
Αφέθηκε στο ΙΠΕ, υπό την ηγεσία του Paul Kagame, να ξεκινήσει μια τελικά επιτυχημένη στρατιωτική εκστρατεία για τον έλεγχο της Ρουάντα. Μέχρι το καλοκαίρι, το ΙΠΕ είχε νικήσει τις δυνάμεις του Χούτου και τους οδήγησε έξω από τη χώρα και σε πολλά γειτονικά έθνη. Ωστόσο, μέχρι τότε, περίπου 75% των Tutsis που ζούσαν στη Ρουάντα είχαν δολοφονηθεί.
