Μετά από ένα βρεγμένο και κουραστικό χειμώνα κοντά στην ακτή του Ειρηνικού, ο Lewis και ο Clark αφήνουν ευτυχισμένα το Fort Clatsop και κατευθύνονται ανατολικά για το σπίτι.
Το Σώμα της Discovery έφτασε στον Ειρηνικό τον προηγούμενο Νοέμβριο, έχοντας κάνει μια δύσκολη διασταύρωση πάνω από τα τραχιά Βραχώδη Όρη. Η χειμωνιάτικη διαμονή τους στη νότια πλευρά του ποταμού Κολούμπια - που ονομάστηκε Fort Clatsop προς τιμήν των τοπικών Ινδών - είχε μαστίζεται από βροχερό καιρό, θρυμμένους Ινδιάνους και μια έλλειψη νωπού κρέατος. Κανείς στο Σώμα της Discovery δεν εξέφρασε τη λύπη του για να αφήσει πίσω του το Fort Clatsop.
Τις ημέρες πριν από την αναχώρησή τους, οι καπετάνιοι Lewis και Clark προετοίμασαν για το τελικό στάδιο του ταξιδιού τους. Ο Lewis αναγνώρισε την πιθανότητα κάποια καταστροφή να τους εμποδίσει να τα βγάλει ανατολικά και άφησε με σύνεση τη λίστα με τα ονόματα όλων των ανδρών της αποστολής με τον Chief Coboway των Clatsops. Ο Lewis ζήτησε από τον επικεφαλής να δώσει τον κατάλογο στο πλήρωμα του επόμενου εμπορικού σκάφους που έφτασε, ώστε ο κόσμος να μάθει ότι η αποστολή έφτασε στον Ειρηνικό.
Οι προηγούμενες ημέρες ήταν θυελλώδεις, αλλά στις 22 Μαρτίου, η βροχή άρχισε να χαλαρώνει. Οι καπετάνιοι συμφώνησαν να αναχωρήσουν την επόμενη μέρα και έκαναν ένα δώρο διαχωρισμού του Fort Clatsop και των επίπλων του στον αρχηγό Coboway.
Την 1 μ.μ. αυτή τη μέρα το 1806, το Σώμα της Αποστολής ξεκίνησε τον ποταμό Κολούμπια σε κανό. Μετά από σχεδόν ένα χρόνο στην έρημο, είχαν εξαντλήσει σοβαρά την μεγάλη μάζα των προμηθειών με τις οποίες είχε ξεκινήσει η αποστολή, ξεκίνησαν το ταξίδι τους επιστροφής μόνο με κάνιστρα με πυρίτιδα, μερικά εργαλεία, με μια μικρή μάζα αποξηραμένων ψαριών και ριζών και τα τουφέκια τους. Η αποστολή είχε δαπανήσει σχεδόν όλες τις προμήθειές της.
Μπροστά ξεκίνησαν οι ψηλές, τραχιά πλαγιές των Βραχώδεις Όρη, που είχαν αποδειχθεί τόσο δύσκολο να περάσουν προς την άλλη κατεύθυνση το προηγούμενο έτος. Αυτή τη φορά, ωστόσο, ο Lewis και ο Clark είχαν το πλεονέκτημα ότι γνώριζαν τη διαδρομή που θα ακολουθούσαν. Ακόμα, ήξεραν ότι το πέρασμα θα ήταν δύσκολο και ήμασταν ανυπόμονοι να βρουν τους Ινδούς Nez Perce, των οποίων η βοήθεια θα χρειαζόταν να διασχίσουν τα βουνά.
Οι επόμενοι μήνες θα γίνουν μάρτυρες μερικές από τις πιο επικίνδυνες στιγμές του ταξιδιού, συμπεριλαμβανομένης της βίαιης αντιπαράθεσης του Lewis με τους Ινδιάνους Blackfeet κοντά στον ποταμό Μάριον της Μοντάνα τον Ιούλιο. Παρ 'όλα αυτά, επτά μήνες αργότερα, στις 23 Σεπτεμβρίου 1806, το Σώμα της Discovery έφτασε στις αποβάθρες του Σαιντ Λούις, όπου το μακρύ ταξίδι τους είχε αρχίσει σχεδόν δυόμισι χρόνια πριν.
