Μετά από ένα μακρύ χειμώνα, η εκστρατεία Lewis και Clark αναχωρεί το στρατόπεδό της μεταξύ των Ινδών Μαντάν και συνεχίζει το ταξίδι της δυτικά κατά μήκος του ποταμού Μισσούρι.
Το Σώμα της Discovery είχε αρχίσει το ταξίδι της την προηγούμενη άνοιξη και έφτασε στα μεγάλα χωριά Mandan και Minnetaree κατά μήκος του άνω ποταμού Μισσούρι (βόρεια του σημερινού Bismarck, Βόρεια Ντακότα) στα τέλη Οκτωβρίου. Μόλις στα χωριά, ο Meriwether Lewis και ο William Clark διευθύυναν τους άνδρες να χτίσουν ένα γερό φρούριο. Ο επόμενος χειμώνας ήταν σκληρός, αλλά η αποστολή είχε πολλές προβλέψεις. Οι δύο καπετάνιοι έκαναν το καλύτερο από το αναγκαστικό τους σταμάτημα, κάνοντας άφθονα σημειώματα στα περιοδικά τους και προετοιμάζοντας χάρτες της διαδρομής τους. Το πιο σημαντικό, συναντήθηκαν συχνά με τους ντόπιους Ινδιάνους, οι οποίοι τους έδωσαν πολύτιμες πληροφορίες για τη μυστηριώδη χώρα που βρισκόταν μπροστά.
Καθώς η άνοιξη ήρθε στο Μισούρι, ο Lewis και ο Clark προετοίμασαν να συνεχίσουν το ταξίδι τους. Ο Lewis έγραψε μια μακρά αναφορά για τον Πρόεδρο Thomas Jefferson που θα αποσταλεί πίσω στο Σεντ Λούις με 16 άνδρες που ταξιδεύουν στο μεγάλο καγιάτι της αποστολής. Αν και ο Lewis δεν είχε ακόμη εξερευνήσει καμία πραγματικά άγνωστη χώρα, η έκθεσή του παρείχε πολλές πολύτιμες πληροφορίες για την περιοχή του ποταμού Μισσούρι και τους κατοίκους της. Θεώρησε αισιόδοξα ότι η αποστολή θα μπορούσε να φτάσει στον Ειρηνικό και να κάνει μια καλή αρχή στο ταξίδι επιστροφής πριν από τον ερχόμενο χειμώνα. "Ως εκ τούτου, μπορείτε να περιμένετε από μένα να σας συναντήσω στο Monachello τον Σεπτέμβριο του 1806", είπε στον πρόεδρο.
Στην πραγματικότητα, το ταξίδι ήταν πιο δύσκολο και αργό από ό, τι περίμενε ο Lewis. Η αποστολή ξόδεψε τον χειμώνα του 1805-06 κατά μήκος της ακτής του Ειρηνικού και ο Lewis δεν συναντήθηκε τελικά με τον Τόμας Τζέφερσον στην Ουάσινγκτον, μέχρι την 1η Ιανουαρίου 1807. Ωστόσο, όπως ο Lewis και ο Clark προετοιμαζόταν να εγκαταλείψουν το Fort Mandan αυτήν την ημέρα 1805, δεν γνώριζαν τις δοκιμασίες και μάλλον ήταν γεμάτες αισιοδοξία και ενθουσιασμό. Καθώς το καγιάκ έσπασε και ξεκίνησε το Μισσούρι με την αναφορά του Λιούις στον Τζέφερσον, το Σώμα της Ανακάλυψης (και ο γυναικείος οδηγός τους, Σακάγκα) επανέλαβαν το πολύ πιο δύσκολο έργο της κωπηλασίας των μικρών σκαφών τους προς τα ανάντη.
Εκείνη τη νύχτα ο Lewis έγραψε στο περιοδικό του ότι «Τα σκάφη μας αποτελούνται από έξι μικρά κανό και δύο μεγάλα πύργους. Αυτός ο μικρός στόλος, άλλος που δεν ήταν τόσο επιεικής όπως εκείνοι του Κολόμβου ή του Capt. Cook, εξακολουθούσε να βλέπεις μαζί μας με την ίδια ευχαρίστηση που όλοι οι τυχαία γνωστοί τυχοδιώκτες είχαν ποτέ δει τους δικούς τους. "Καθώς ο Lewis ξεκίνησε το ταξίδι του σε μια γη" του πολιτισμένου ανθρώπου δεν είχε ποτέ πατήσει », ανακήρυξε την ημέρα της αναχώρησης ως« από τις πιο ευτυχισμένες της ζωής μου ».
