Την 1η Φεβρουαρίου 1979, ο Αγιατολάχ Χομεϊνί επιστρέφει στο Ιράν με θρίαμβο μετά από 15 χρόνια εξορίας. Ο σάχ και η οικογένειά του είχαν εγκαταλείψει τη χώρα πριν από δύο εβδομάδες, ενώ οι ιερείς επαναστάτες ήταν πρόθυμοι να ιδρύσουν μια ισλαμική κυβέρνηση φονταμενταλιστών υπό την ηγεσία του Χομεϊνί.
Γεννημένος γύρω από τη στροφή του αιώνα, ο Ruhollah Khomeini ήταν γιος ενός ισλαμικού θρησκευτικού λόγου και στη νεολαία του απομνημονεύει το Κοράνι. Ήταν ένας Σιίτης «ο κλάδος του Ισλάμ που ασκείται από την πλειοψηφία των Ιρανών» και σύντομα αφιερώθηκε στην επίσημη μελέτη του Shia Islam στην πόλη του Qom. Ένας αφοσιωμένος κληρικός, ανέβηκε σταθερά στην άτυπη σιιτική ιεραρχία και προσέλκυσε πολλούς μαθητές.
Το 1941, βρετανικά και σοβιετικά στρατεύματα κατέλαβαν το Ιράν και εγκατέστησαν τον Mohammad Reza Pahlavi ως το δεύτερο σύγχρονο shah του Ιράν. Ο νέος σάχ είχε στενούς δεσμούς με τη Δύση και το 1953 οι βρετανοί και οι αμερικανικοί πράκτορες βοήθησαν να ανατρέψει έναν δημοφιλή πολιτικό αντίπαλο. Ο Mohammad Reza αγκάλιασε πολλές δυτικές ιδέες και το 1963 ξεκίνησε την "Λευκή Επανάσταση", ένα ευρύ κυβερνητικό πρόγραμμα που κάλεσε για μείωση των θρησκευτικών κληρονομιών στο όνομα της αναδιανομής της γης, των ίσων δικαιωμάτων για τις γυναίκες και άλλων σύγχρονων μεταρρυθμίσεων.
Ο Χομεϊνί, γνωστός σήμερα από τον υψηλό σιιτικό τίτλο "ayatollah", ήταν ο πρώτος θρησκευτικός ηγέτης για να καταδικάσει ανοιχτά το πρόγραμμα της δυτικοποίησης του shah. Σε ογκώδεις αποστολές από το Σεμινάριο Φαζίγιε του Κομ, ο Χομεϊνί κάλεσε την ανατροπή του σάχ και την ίδρυση ισλαμικού κράτους. Το 1963, ο Mohammad Reza τον φυλακίζει, ο οποίος οδήγησε σε ταραχές, και στις 4 Νοεμβρίου 1964 τον απέβαλε από το Ιράν.
Ο Χομεϊνί εγκαταστάθηκε στην Να Νατφάφ, μια ιερή πόλη σιιτική πέρα από τα σύνορα στο Ιράκ, και έστειλε τις ηχογραφήσεις για τα κηρύγματά του που συνέχιζαν να υποκινούν τους μαθητές του. Το σπάσιμο της υπεροχής με τη σιιτική παράδοση που αποθάρρυνε τη συμμετοχή των υπαλλήλων στην κυβέρνηση, κάλεσε τους σιίτες αρχηγούς να κυβερνήσουν το Ιράν.
Στη δεκαετία του '70, ο Mohammad Reza ενθάρρυνε τους ισλαμιστές φονταμενταλιστές στο Ιράν διεξάγοντας έναν εξωφρενικό εορτασμό της 2.500ης επετείου της προ-ισλαμικής περσικής μονάρχης και αντικατέστησε το ισλαμικό ημερολόγιο με ένα περσικό ημερολόγιο. Καθώς αυξανόταν η δυσαρέσκεια, ο σάχ έγινε πιο καταπιεστικός και η στήριξη του Χομεϊνί αυξήθηκε. Το 1978, στις μεγάλες πόλεις του Ιράν ξέσπασαν τεράστιες διαδηλώσεις εναντίον του σσαχ. Τα δυσαρεστημένα μέλη της κατώτερης και μεσαίας τάξης εντάχθηκαν στους ριζοσπαστικούς μαθητές και ο Χομεϊνί κάλεσε την άμεση ανατροπή του σάχ. Τον Δεκέμβριο, ο στρατός συγκινήθηκε, και στις 16 Ιανουαρίου 1979 ο Σάχ έφυγε.
Ο Χομεϊνί έφτασε στην Τεχεράνη με θρίαμβο την 1η Φεβρουαρίου 1979 και έγινε γνωστός ως ηγέτης της Ιρανικής Επανάστασης. Με τη θρησκευτική φρίκη να τρέχει ψηλά, εδραιώνει την εξουσία του και επιχειρεί να μετατρέψει το Ιράν σε θρησκευτικό κράτος. Στις 4 Νοεμβρίου 1979, την 15η επέτειο της εξορίας του, οι φοιτητές εισέβαλαν στην αμερικανική πρεσβεία στην Τεχεράνη και πήραν το όπλο ως όμηρος. Με την έγκριση του Χομεϊνί, οι ριζοσπάστες απαίτησαν την επιστροφή του σάχη στο Ιράν και κατέλαβαν 52 Αμερικανούς ομήρους για 444 ημέρες. Ο shah πέθανε στην Αίγυπτο από καρκίνο τον Ιούλιο του 1980.
Τον Δεκέμβριο του 1979, εγκρίθηκε ένα νέο ιρανικό σύνταγμα, ονομάζοντας τον Χομεϊνί ως πολιτικό και θρησκευτικό ηγέτη του Ιράν για τη ζωή. Κάτω από τη διακυβέρνησή του, οι ιρανικές γυναίκες στερήθηκαν ίσα δικαιώματα και απαίτησαν να φορούν πέπλο, απαγόρευε τη δυτική κουλτούρα και αποκαταστάθηκε ο παραδοσιακός ισλαμικός νόμος και οι συχνά βίαιες τιμωρίες. Καταπιέζοντας την αντιπολίτευση, ο Χομεϊνι αποδείχθηκε τόσο αδίστακτος όσο ο σάχ και χιλιάδες πολιτικοί αντιφρονούντες εκτελέστηκαν κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του κανόνα.
Το 1980, το Ιράκ εισέβαλε στην ιρανική πετρελαϊκή επαρχία Khuzestan. Μετά τις αρχικές πρόοδοι, το ιρακινό αδίκημα αποκρούστηκε. Το 1982, το Ιράκ αποσύρθηκε οικειοθελώς και ζήτησε ειρηνευτική συμφωνία, αλλά ο Χομεϊνί ανανέωσε τις μάχες. Ακολούθησαν τα αδιέξοδα και οι θάνατοι χιλιάδων νεαρών ιρανικών στρατιωτών στο Ιράκ. Το 1988, ο Χομεϊνί συμφώνησε τελικά με την κατάπαυση του πυρός που διεπράχθη στο Ηνωμένο Βασίλειο.
Μετά το θάνατο του Αγιατολάχ Χομεϊνι στις 3 Ιουνίου 1989, περισσότεροι από δύο εκατομμύρια θλιμμένοι θρηνούντες παρακολούθησαν την κηδεία του. Ο σταδιακός εκδημοκρατισμός άρχισε στο Ιράν στις αρχές της δεκαετίας του 1990, κορυφώνοντας σε ελεύθερες εκλογές το 1997, κατά τις οποίες εξελέγη πρόεδρος ο μετριοπαθής ρεφορμιστής Μοχάμεντ Χατάμι.
