Ο συμπατριώτης στρατηγός Τόμας "Stonewall" Τζάκσον συλλαμβάνει το Harpers Ferry, τη Βιρτζίνια (σημερινή Δυτική Βιρτζίνια) και περίπου 12.000 στρατιώτες της Ένωσης, καθώς ο στρατός του στρατηγού Robert E. Lee μετακινείται βόρεια στο Μέριλαντ.
Η ομοσπονδιακή φρουρά στο Harpers Ferry ήταν ευάλωτη σε μια επίθεση της Confederate μετά την εισβολή του Lee στο Μέριλαντ τον Σεπτέμβριο. Η στρατηγική πόλη στον ποταμό Potomac ήταν αποκομμένη από τον υπόλοιπο στρατό της Ένωσης. Ο στρατηγός George B. McClellan, διοικητής του στρατού του Potomac, έστειλε στον Γενικό Διευθυντή Dixon Miles, διοικητή της φρουράς Harpers Ferry, να κρατήσει την πόλη με κάθε κόστος. Ο McClellan υποσχέθηκε να βοηθήσει, αλλά έπρεπε να ασχοληθεί με τον υπόλοιπο στρατό της Συνομοσπονδίας.
Ο Τζάκσον έβαλε το πυροβολικό του στη θέση του και άρχισε να περιβάλλει την πόλη στις 14 Σεπτεμβρίου. Οι Γιανίκες δεν είχαν τα πυρομαχικά και ο Μάιλς προσέφερε μικρή αντίσταση προτού συμφωνήσει να παραδοθεί το πρωί της 15ης Σεπτεμβρίου. Καθώς η βοήθεια του Μάιλς, ο στρατηγός Ιούλιος Λευκός, Ο Τζάκσον για να διαπραγματευτεί τους όρους παράδοσης, συνέχισε να πυροβολεί ένα ομόσπονδο κανόνι. Ο Μάιλς τραυματίστηκε θανάσιμα από τον τελευταίο πυροβολισμό που πυροβολήθηκε στο Harpers Ferry.
Οι Γιανίκες παραχώρησαν 73 τεμάχια πυροβολικού, 13.000 τυφέκια και περίπου 12.000 άνδρες στο Harpers Ferry. Ήταν η μεγαλύτερη ενιαία παράδοση του πολέμου από την Ένωση.
Η πτώση του Harpers Ferry έπεισε τον Lee να αλλάξει τα σχέδιά του. Αφού υπέστη μεγάλες απώλειες στις 14 Σεπτεμβρίου στο Μέριλαντ στη Μάχη του South Mountain, στα βορειοανατολικά του Harpers Ferry, ο Lee είχε την πρόθεση να συγκεντρώσει τα διασκορπισμένα στρατεύματα του και να επιστρέψει στη Βιρτζίνια. Τώρα, με την ασφάλεια του Harpers Ferry, κάλεσε τον Jackson να ενταχθεί στην υπόλοιπη δύναμη γύρω από το Sharpsburg, Maryland. Δύο μέρες αργότερα, στις 17 Σεπτεμβρίου, οι Lee και McClellan πολέμησαν τη μάχη του Antietam.
